De marathon van Honolulu 1999 vond plaats op zondag 12 december 1999 in Honolulu. Het was de 27e editie van deze marathon.
Bij de mannen won de Keniaan Jimmy Muindi in 2:16.45, bij de vrouwen was de Kirgizische Irina Bogatsjeva het snelste in 2:32.36.
Van de 26.724 gestarte lopers bereikten 21.211 marathonlopers de finish.
Uitslagen Mannen rangnaamlandtijd Jimmy Muindi 2:16.45 Erick Kimaiyo 2:16.47 Mbarak Hussein 2:16.55 4 Douglas Wakiihuri 2:18.59 5 Belay Welasha 2:19.25 6 Tedesse Hailemariam 2:23.29 7 Kim Yong-Bok 2:24.22 8 Yuichiro Yamaguchi 2:29.13 9 Lee Song-Un 2:29.32 10 Masato Numata 2:30.37
Vrouwen rangnaamlandtijd Irina Bogatsjeva 2:32.36 Svetlana Zacharova 2:34.28 Derartu Tulu 2:40.51 4 Mari Tanigawa 2:41.54 5 Eriko Asai 2:46.47
1999 Honolulu