De Jakobida is een groep van vrijlevende protisten. Het zijn kleine (< 15 μm), eenvoudige, geflagelleerde cellen die in zoet, zout en brak water leven. Ze komen voor in zowel aerobe als anaerobe omgevingen. De Jakobida bezitten een celbouw die verschillende overeenkomsten vertoont met die van de vroegste eukaryoten. De organismen behoren tot de supergroep Discoba, en zijn verwant aan de Euglenozoa en Heterolobosea.
De organismen werden al in de jaren 1930 beschreven, maar pas in 1993 werd de groep als geheel geclassificeerd als orde. Jakobida wordt vertegenwoordigd door ongeveer 20 soorten. Enkele belangrijke genera zijn Histiona, Reclinomonas, Stygiella, Moramonas en Jakoba. Dit laatste geslacht en daarmee de groep als geheel is vernoemd naar de Nederlandse plantkundige en microbiologe Jakoba Ruinen.
Er is onder andere onderzoek gedaan naar het mitochondriaal genoom van Jakobida, dat ongewoon groot is en sterk op dat van bacteriën lijkt. Dit vormt een aanwijzing dat het een zeer oude groep van eencellige eukaryoten is.
Kenmerken thumb|upright=0.5|Schema van de soort Andalucia godoyi De Jakobida, in literatuur informeel jakobids genoemd, zijn kleine heterotrofe protisten met twee flagellen. Ze hebben een duidelijke voedingsgroeve (feeding groove) die inwendig ondersteund wordt door een uniek georganiseerd cytoskelet. Mede door dit opvallende morfologische kenmerk worden deze protisten ook wel ondergebracht in een brede verzamelgroep, de Excavata, maar deze indeling is in de moderne systematiek in onbruik geraakt.
Mitochondriën Jakobida zijn in de belangstelling gekomen vanwege het unieke en evolutionair 'primitieve' mitochondriale genoom. Moleculaire analyse van Reclinomonas americana maakte duidelijk dat de mitochondriale DNA uitzonderlijk veel genen bevat (tot wel 100), waarvan sommige in geen enkele andere bekende eukaryoot voorkomen. Verder opvallend is dat de genen coderen voor bacterieachtig RNA-polymerase. Bij vrijwel alle andere eukaryoten wordt de transcriptie van mitochondriale genen uitgevoerd door een geheel ander enzym (een polymerase dat homoloog is aan RNA-polymerase uit bacteriofagen).
Levenswijze en ecologie thumb|left|Stygiella incarcerata De meeste soorten zijn vrijzwemmend en voeden zich met bacteriën. Alleen de genera Histiona en Reclinomonas leven sessiel en vormen een vaasvormig omhulsel, de zogenoemde lorica. Sommige soorten uit de geslachten Stygiella en Velundella zijn aangepast aan zuurstofarme of volledig zuurstofloze mariene milieus. De voedselopname verloopt relatief langzaam, waardoor zij waarschijnlijk het best gedijen in omgevingen waar bacteriën in hoge dichtheden voorkomen, zoals sedimenten of oppervlakken van organisch materiaal.
Jakobida planten zich ongeslachtelijk voort door binaire deling. Bij de vastzittende Histiona behoudt één dochtercel de bestaande lorica, terwijl de andere als vrijzwemmende cel wegtrekt en later een nieuwe omhulling vormt. Bij enkele soorten zijn rustcysten beschreven, maar geslachtelijke voortplanting is tot op heden niet waargenomen.
Zie ook Malawimonadida
Categorie:Protista