thumb|De Carta Marina van Olaus Magnus
Het jaar 1539 is het 39e jaar in de 16e eeuw volgens de christelijke jaartelling.
Gebeurtenissen januari 7 - Huwelijk van Georg van Limburg Stirum en Ermgard van Wisch.
februari 23 - Johan Zápolya trouwt met Isabella van Polen.
april 17 - De katholieke hertog van Saksen Joris met de Baard sterft en wordt opgevolgd door zijn protestantse broer Hendrik de Vrome, die de Hervorming direct krachtig ter hand neemt. 27 - De conquistadores Gonzalo Jiménez de Quesada, Sebastián de Belalcázar en Nikolaus Federmann stichten de stad Bogota voor een tweede keer. april - De Second Act of Dissolution zet de Ontbinding van de kloosters in Engeland voort.
mei 30 - De Spaanse conquistador Hernando de Soto landt met tien schepen en 700 manschappen bij Tampa Bay en verkent vandaaruit Florida.
augustus 10 - Edict van Villers-Cotterêts: Frans I centraliseert het Franse bestuur en maakt Frans de bestuurstaal.
november 1 - Joachim II van Brandenburg neemt in de Nikolaikirche van Spandau deel aan het Avondmaal. Zijn overgang naar het protestantisme, en die van zijn land, is daarmee een feit.
december 29 - De Sint-Jacobskerk in Den Haag wordt door de bliksem getroffen en raakt door brand zwaar beschadigd. december - Karel V reist van Spanje naar de Nederlanden om de Gentse Opstand neer te slaan. Hij mag daarbij van Frans I door Frankrijk trekken.
zonder datum De koning van Toungoo verovert Pegu. Begin van het Tweede Birmaanse koninkrijk. Olaus Magnus maakt de Carta Marina, die geldt als de eerste moderne kaart van Scandinavië. Francisco de Ulloa verkent de Golf van Californië en de westkust van Baja California. Bedijking van de Geertruidapolder en de Goudenpolder.
Literatuur Rudolf Agricola: De inventione dialectica (postume uitgave) Rudolf Agricola: Rudolphi Agricolae lucubrationes (postume uitgave) Johannes Calvijn: Aulcuns Pseaulmes et cantiques mys en chant (zie Geneefse psalmen) Charles Estienne: De re hortensi libellus, vulgaria herbarum, florum, ac fructicum... Georg Forster: Frische teutsche Liedlein (eerste deel) Macropedius: Haecastus Georg Wickram: Ritter Galmy aus Schottland
Beeldende kunst
Opvolging Generalitat de Catalunya - Joan Pasqual opgevolgd door Jeroni de Requesens i Roís de Liori Dominicanen (magister-generaal) - Agostino Recuperati als opvolger van Jean du Feynier Kleef, Berg en Gulik - Johan III opgevolgd door zijn zoon Willem V Moechrani - Bagrat I opgevolgd door zijn zoon Vachtang I metropoliet van Moskou - Daniël opgevolgd door Joasafus Saksen - George opgevolgd door zijn broer Hendrik Sikh goeroe - Goeroe Nanak opgevolgd door Goeroe Angad Waldeck-Eisenberg - Filips III opgevolgd door zijn zoons Wolraad II (Waldeck-Eisenberg) en Johan I van Waldeck-Landau
Afbeeldingen
Geboren 15 januari - Toshiie Maeda, Japans legerleider 28 januari - Nicolò Donato, doge van Venetië 7 februari - Hendrik Robrecht van der Marck, Frans edelman 13 februari - Elisabeth van Hessen, Duits edelvrouw 23 februari - Hendrik XI van Legnica, Silezisch edelman 27 februari - Franciscus Raphelengius, Nederlands geleerde en drukker februari - Alessandro Valignano, Italiaans missionaris 5 maart - Christoph Pezel, Duits theoloog 18 maart - Maria van Nassau, Duits edelvrouw 5 april - George Frederik I van Brandenburg-Ansbach, Duits edelman 12 april - Garcilaso de la Vega, Inca-Spaans historicus 30 april - Barbara van Oostenrijk, Oostenrijks edelvrouw 30 mei - Maria van Bourbon-Vendôme, Frans edelvrouw 6 juni - Catharina van Zweden, Zweeds prinses 4 juli - Lodewijk VI, keurvorst van de Palts 25 juli - Floris van Pallandt, Nederlands edelman 18 september - Lodewijk IV van Nevers, Frans edelman 1 november - Pierre Pithou, Frans jurist 5 december - Faustus Socinus, Italiaans theoloog Françoise de Bourbon-Vendôme, Frans edelvrouw Bartholt Entens van Mentheda, Nederlands edelman en militair Franciscus Goethals, Zuid-Nederlands rechtsgeleerde Andrea Gonzaga, Italiaans edelman Ichijo Nobutatsu, Japans samoerai Gómez Pérez Dasmariñas, Spaans koloniaal bestuurder Margaretha IV van Renesse van Elderen, Zuid-Nederlands edelvrouw Pieter Simons, Zuid-Nederlands prelaat Pieter Vlerick, Zuid-Nederlands kunstschilder Nicolaas Gomolka, Pools componist (jaartal bij benadering) Mathias Lambrecht, Zuid-Nederlands prelaat (jaartal bij benadering) Martinus Lydius, Duits theoloog (jaartal bij benadering) Harmen Jansz Muller, Nederlands drukker (jaartal bij benadering) Jan van der Noot, Zuid-Nederlands dichter (jaartal bij benadering) Dario Varotari de Oudere, Italiaans kunstschilder (jaartal bij benadering)
Overleden 9 januari - Henry Courtenay (~42), Engels edelman 24 januari - Anneke Esaiasdochter (~29), Nederlands wederdoper 6 februari - Johan III (48), hertog van Kleef 13 februari - Isabella d'Este (64), Italiaans edelvrouw 3 maart - Nicholas Carew (~42), Engels hoveling 11 maart - Johannes van Cupramontana (~69), Italiaans monnik 19 maart - Edmund Howard (~60), Engels edelman maart - Thomas Boleyn (~61), Engels staatsman 17 april - George, hertog van Saksen (1500-1539) 1 mei - Isabella van Portugal (35), echtgenote van Karel V 7 mei - Goeroe Nanak (69), Sikh goeroe 7 mei - Ottaviano Petrucci (72), Venetiaans drukker 4 juli - Jan van Baarle, Zuid-Nederlands geestelijke 5 juli - Antonius Maria Zaccaria (36), Italiaans geestelijke 9 juli - Adrian Fortescue (~63), Engels hoveling 12 juli - Ferdinand Columbus (50), Spaans geleerde 19 juli - Lorenzo Campeggio (64), Italiaans kardinaal 25 oktober - Floris van Egmont (~70), Noord-Nederlands staatsman 14 november - Hugh Faringdon, Engels abt 20 december - Johannes Lupi (~33), Zuid-Nederlands componist december - Albertas Goštautas, Litouws edelman december - John Stone, Engels geestelijke (vermoedelijke datum) Chökyong Gyatso (~66), Tibetaans geestelijk leider Elisabeth van Egmond (~89), Noord-Nederlands edelvrouw Estevanico, Marokkaans-Spaans ontdekkingsreiziger Francesco del Giocondo, Florentijns handelaar Engelbert van Heemstede, Noord-Nederlands geestelijke Joost van Montfoort (~29), Noord-Nederlands edelman Il Pordenone (~55), Venetiaans schilder Maria de Salinas (~49), Spaans edelvrouw Arnould van Sprolant (~53), Zuid-Nederlands edelman