De Grote Prijs van Kroatië 2006 in de MX3-klasse motorcross werd gehouden op 11 juni 2006 op het circuit van Mladina. Het was de achtste Grote Prijs van het wereldkampioenschap. KTM-rijders Sven Breugelmans en Yves Demaria deelden de punten; ze wonnen elk één reeks en werden eenmaal tweede. De GP-zege ging naar Demaria, die in de tweede reeks de beste was. Hierdoor veranderde er niets aan de top van de tussenstand in het WK: Demaria behield vijftien punten voorsprong op Breugelmans. Thuisrijder Nenad Sipek slaagde erin de derde plaats op het podium te veroveren.
Uitslag eerste reeks
PlaatsNaamLand1Sven Breugelmans2Yves Demaria3Cristian Beggi4Martin Zerava5Jan Zaremba6Nenad Sipek7Enrico Oddenino8Saso Kragelj9Vincent Collet10David Cadek
Uitslag tweede reeks
PlaatsNaamLand1Yves Demaria2Sven Breugelmans3Nenad Sipek4Marc Ristori5Martin Zerava6Michal Kadlecek7Enrico Oddenino8Oswald Reisinger9Mario Hirschmugl10David Cadek
Eindstand Grote Prijs
PlaatsNaamLandPunten1Yves Demaria472Sven Breugelmans473Nenad Sipek354Martin Zerava345Enrico Oddenino286Saso Kragelj237Oswald Reisinger228David Cadek229Mario Hirschmugl2010Cristian Beggi20
Tussenstand wereldkampioenschap
PlaatsNaamLandPunten1Yves Demaria3522Sven Breugelmans3373Marc Ristori2434Cristian Beggi2425Enrico Oddenino2326Saso Kragelj1627Jan Zaremba1558Nenad Sipek1379Vincent Collet11810Martin Zerava11511David Cadek11412Michal Kadlecek11213Daniele Bricca10714Michael Staufer8315Bader Manneh6816Christian Stevanini6117Christophe Martin5618Jussi Nikkila4719Jurgen Van Nooten3920Julien Vanni35
Categorie:MX3 in 2006