De familie modderkruipers (Cobitidae) is een vissenfamilie uit de orde karperachtigen (Cypriniformes). In Nederland inheemse soorten zijn de grote modderkruiper en de kleine modderkruiper.
Modderkruipers worden onderverdeeld in de volgende geslachten:Cobitidae volgens Fishbase, oktober 2008 Acanthopsoides Fowler, 1934 Acantopsis van Hasselt, 1823 Bibarba Y. X. Chen & Y. F. Chen, 2007 Botia J. E. Gray, 1831 Chromobotia Kottelat, 2004 Cobitis Linnaeus, 1758 Iksookimia Nalbant, 1993 Koreocobitis I. S. Kim, J. Y. Park & Nalbant, 1997 Kottelatlimia Nalbant, 1994 Lepidocephalichthys Bleeker, 1863 Lepidocephalus Bleeker, 1859 Leptobotia Bleeker, 1870 Misgurnus Lacepède, 1803 Neoeucirrhichthys Bănărescu & Nalbant, 1968 Niwaella Nalbant, 1963 Pangio Blyth, 1860 Parabotia Dabry de Thiersant, 1872 Paralepidocephalus T. L. Tchang, 1935 Paramisgurnus Dabry de Thiersant, 1872 Protocobitis J. X. Yang & Y. R. Chen, 1993 Sabanejewia Vladykov, 1929 Serpenticobitis T. R. Roberts, 1997 Sinibotia P. W. Fang, 1936 Syncrossus Blyth, 1860 Yasuhikotakia Nalbant, 2002