Er bevinden zich in Tsjechië ongeveer dertig hogeronderwijsinstellingen met gezamenlijk meer dan honderd faculteiten. Het Ministerie voor Onderwijs en Sport is verantwoordelijk voor het hoger onderwijs in het land. De belangrijkste universiteitssteden zijn de twee grootste steden van het land, Praag en Brno. Er zijn twee regio's zonder hoger onderwijs, namelijk Midden-Bohemen en Karlsbad. De oudste universiteit van het land is de in het jaar 1348 opgerichte Karelsuniversiteit Praag.
Hieronder een lijst van de hogeronderwijsinstellingen in Tsjechië, gesorteerd per regio. Ústí nad Labem Universiteit Jan Evangelista Purkyně (Ústí nad Labem)
Liberec Technische Universiteit Liberec (Liberec)
Hradec Králové (regio) Universiteit Hradec Králové (Hradec Králové) Karelsuniversiteit Praag: Faculteiten Geneeskunde en Farmacie (Hradec Králové) Universiteit voor Verdediging Brno: Faculteit Militaire Gezondheidszorg (Hradec Králové)
Pardubice Universiteit Pardubice (Pardubice)
Olomouc Moravská vysoká škola Olomouc (Olomouc) Palacký-Universiteit (Olomouc)
Moravië-Silezië Technische Universiteit Ostrava (Ostrava) Silezische Universiteit Opava (Opava) Universiteit Ostrava (Ostrava)
Pilsen Westboheemse Universiteit (Pilsen) Karelsuniversiteit Praag: Faculteit Geneeskunde (Pilsen)
Praag Karelsuniversiteit (Praag) Tsjechische Technische Universiteit (Praag) Tsjechische Landbouwuniversiteit (Praag) Economische Universiteit (Praag) Universiteit voor Scheikunde en Technologie (Praag) Academie voor de Beeldende Kunsten (Praag) Academie voor Kunst, Architectuur en Design (Praag) Academie voor Muzikale Kunsten (Praag) Politieacademie van de Tsjechische Republiek (Praag)
Zuid-Bohemen Zuidboheemse Universiteit (České Budějovice) Technische en Economische Hogeschool (České Budějovice)
Vysočina Polytechnische Hogeschool Jihlava (Jihlava)
Zuid-Moravië Technische Universiteit Brno (Brno) Mendel-universiteit voor Land- en Bosbouw (Brno) Universiteit voor Diergeneeskunde en Farmacie (Brno) Masaryk-universiteit (Brno) Janáček-muziekacademie (Brno) Universiteit voor Verdediging (Brno)
Zlín Tomáš Baťa Universiteit (Zlín)
Tsjechië
Hogeronderwijsinstellingen